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對植物來說：植物次生代謝是次生物質(zhì)在植物體內(nèi)合成和分解的化學(xué)過程。植物次生代謝物質(zhì)，指的是不直接參與生長發(fā)育對植物的生態(tài)適應(yīng)有重要作用的一類物質(zhì)。這類物質(zhì)的產(chǎn)生和分布往往局限在某一個或分類學(xué)上相近的幾個植物種類。

植物在逆境中一般會開啟至少20條次生代謝途徑，其中有5條途徑對形成植物的化感物質(zhì)及品質(zhì)與風(fēng)味物質(zhì)影響顯著。分別是生物堿代謝途徑，產(chǎn)生含氮化合物；酚類衍生物代謝途徑，產(chǎn)生酚類化合物；類黃酮類化合物代謝途徑，產(chǎn)生黃酮類化合物；有機酸代謝途徑，功能是改變pH值和果實風(fēng)味；萜類代謝途徑，產(chǎn)生萜烯類和甾類化合物。

植物次生代謝產(chǎn)物是由次生代謝產(chǎn)生的一類細(xì)胞生命活動或植物生長發(fā)育正常運行的非必需的小分子有機化合物，其產(chǎn)生和分布通常有種屬、器官、組織以及生長發(fā)育時期的特異性。這些次生代謝產(chǎn)物可分為苯丙素類、醌類、黃酮類、單寧類、類萜、甾體及其甙、生物堿七大類。

在植物與病原菌之間的作用：致病微生物的侵襲是危害植物生存的一大重要因素，植物次生代謝產(chǎn)物在提高植物抗病能力方面也起著舉足輕重的作用。按照作用機制的不同，我們可以把參與抗病的次生代謝物分成三大類。第一類是直接參與化學(xué)防御的植物毒素和植保素，可抵御病、蟲、草害。第二大類是一些參與抗病的信號分子，其中有植物激素茉莉酸和水楊酸，還有最近發(fā)現(xiàn)在植物系統(tǒng)獲得性抗病中起重要作用的賴氨酸代謝物-羥基哌啶酸等。第三類參與了植物的結(jié)構(gòu)或物理防御，多為大分子次生代謝物，如角質(zhì)、木栓質(zhì)、木質(zhì)素和類黑色素等組成型高分子量次生代謝物可充當(dāng)病原菌侵入的物理障礙。

在植物與昆蟲之間的作用：害蟲是嚴(yán)重影響農(nóng)作物產(chǎn)量和品質(zhì)的重要因素。植物可通過體內(nèi)營養(yǎng)物質(zhì)含量的變化降低對害蟲的吸引力，營養(yǎng)物質(zhì)也可參與防御反應(yīng)來提高植物抗蟲性。例如，單寧酸對首楷象甲蟲，多酚對果園秋尺蛾等具有影響發(fā)育或抑制生長等效應(yīng)；植物次生代謝物具有抗蟲作用，可對害蟲的行為、取食、消化等造成影響達到抵御蟲害的目的。例如榭皮素對墨西哥棉鈴蟲，α-鐵杉內(nèi)酯和桑色素對紋棘胚小盆具有刺激取食的效應(yīng)；植物防御酶參與抗蟲反應(yīng)的發(fā)生，并維持植物體內(nèi)正常生長代謝平衡來提高植物抗蟲能力；植物激素信號途徑有助于植物防御基因的表達、防御反應(yīng)的發(fā)生以及抗蟲物質(zhì)的產(chǎn)生，從而增強寄主植物的抗蟲性；此外，植物界也存在誘導(dǎo)型抗蟲次生代謝物，已在節(jié)肢食草昆蟲取食誘導(dǎo)作用下的利馬豆、玉米、黃瓜等13個屬的作物20個種中發(fā)現(xiàn)揮發(fā)性異戊二烯及莽草酸等代謝途徑合成的次生代謝物，吸引捕食者或寄生蜂等害蟲天敵。

植物次生代謝物與作物（植物）的營養(yǎng)品質(zhì)、保健品質(zhì)的關(guān)系：植物次生代謝物中如：白藜蘆醇、類黃酮類、多酚、兒茶酚、胡蘿卜素、葉黃素、番茄紅素、皂苷、超氧化物歧化酶（SOD）、維生素A、維生素C、維生素E等，這些物質(zhì)與人類健康關(guān)系密切，被列為人類必需營養(yǎng)物質(zhì)。萜類中的β胡蘿卜素、黃酮類或異黃酮類中多種成分與人類健康密切相關(guān)。植物次生代謝物中如生物堿、酚類、萜類、類黃酮類等能提高農(nóng)產(chǎn)品品質(zhì)、色澤、品相和延長貯藏期；如特殊氨基酸、芳香劑、類黃酮類化合物、適當(dāng)?shù)挠袡C酸與糖的比例和一些萜類物質(zhì)與風(fēng)味相關(guān)。

其它（與環(huán)境之間的關(guān)系）

抗逆（干旱、寒冷、熱害、鹽堿）抗災(zāi)害性天氣物質(zhì)：又稱滲透物質(zhì)或稱非生物因子，例如：脯氨酸、甜菜生物堿、脫落酸、可溶性糖等。

激素物質(zhì)：共同參與和調(diào)控植物生長發(fā)育和對環(huán)境的適應(yīng)性。目前被確認(rèn)植物體內(nèi)有九種內(nèi)源激素：赤霉素、脫落酸、生長素、細(xì)胞分裂素、乙烯、油菜素類固醇、多胺、茉莉酸、水楊酸。

在逆境中起著應(yīng)激指揮作用的物質(zhì)：由各種逆境誘導(dǎo)形成新的蛋白質(zhì)(或稱為酶)，統(tǒng)稱為逆境蛋白。包括：病程相關(guān)蛋白、熱激蛋白、冷響應(yīng)蛋白、耐鹽相關(guān)蛋白等。