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分類(lèi)介紹蛋白marker的原理及作用

蛋白質(zhì)marker指的是做western時(shí),用來(lái)參照的標(biāo)準(zhǔn)蛋白,顯示蛋白大小,用以與自己蛋白進(jìn)行對(duì)比,估計(jì)蛋白大小。在免疫印跡(Western blot)試驗(yàn)中,分子量Marker雖不起眼,但意義重大,是陽(yáng)性對(duì)照,是大小的標(biāo)準(zhǔn),是必須的。

蛋白marker的分類(lèi):

一. 未染色(pre mixed)蛋白分子量標(biāo)準(zhǔn)

未染色的蛋白分子量標(biāo)準(zhǔn)是簡(jiǎn)單,也是準(zhǔn)確的一種。由于沒(méi)有附帶染料分子或者是標(biāo)記分子,所示大小正好是蛋白原本的大小,是判斷蛋白大小必須的?,F(xiàn)在的marker多數(shù)都選用預(yù)混和的Marker,方便不同大小的蛋白比較。預(yù)混的Marker通常有幾條帶加倍濃度作為指示,因?yàn)榛旌系臈l帶越多,越不好記,誰(shuí)知道哪條是那條!數(shù)到眼都花了。所以當(dāng)看到特別濃的那幾條標(biāo)志帶就記得是哪里了。不過(guò)要記得,小帶通常都不那么容易看清楚的。在選擇上來(lái)說(shuō),當(dāng)然是選擇其中少有一條條帶和自己的目的蛋白大小相近的好,越近越好。如果你的蛋白不幸在兩條跨度較大Marker條帶之間,選別的Marker吧。預(yù)混的Marker使用上不如預(yù)染Marker(pre-stained)好用,因?yàn)殡娪具^(guò)程中*看不到,要和目標(biāo)蛋白一起等到后染色才“開(kāi)”,無(wú)法對(duì)實(shí)驗(yàn)起預(yù)示參照作用。*屬于“后知后覺(jué)”型的,當(dāng)然還是比“不知不覺(jué)”不做對(duì)照的要好。

① 寬分子量蛋白標(biāo)準(zhǔn)

如果從實(shí)驗(yàn)室總體考慮的,就選范圍盡量寬,條帶分布比較均勻的,這樣你的蛋白無(wú)論在哪個(gè)區(qū)間都容易判斷,避免正好落在一段空白區(qū)的危險(xiǎn)。不過(guò)條帶越多,每次上樣量也就越費(fèi)。拿到Marker后,如果買(mǎi)的是大包裝,就應(yīng)該考慮分裝。多次反復(fù)凍融對(duì)于蛋白的危險(xiǎn),不用多說(shuō)吧。另外要記得,寬譜的Marker不一定每條都能看到的,特別是MiniCell。如果側(cè)重大蛋白,那小的可能就已經(jīng)跑掉了,不是質(zhì)量不好哦。

② 高分子量蛋白標(biāo)準(zhǔn)

通常在檢測(cè)大分子量蛋白經(jīng)常使用到高分子量蛋白標(biāo)準(zhǔn)。

③低分子量蛋白marker標(biāo)準(zhǔn)

在一般的蛋白電泳當(dāng)中,更常用的是低蛋白標(biāo)準(zhǔn)分子量,除了有指示蛋白大小的作用以外,有時(shí)還可以用作粗略的定量。實(shí)驗(yàn)室用在一般蛋白電泳的低分子量蛋白標(biāo)準(zhǔn)中。

在低分子量蛋白標(biāo)準(zhǔn)這里還包括可特別小的蛋白標(biāo)準(zhǔn),比如30kD以下蛋白或者多肽的分離辨別。其中GE的從2kD到16kD之間有6條帶的蛋白標(biāo)準(zhǔn)挺不錯(cuò)。

二.預(yù)染蛋白分子量標(biāo)準(zhǔn)

預(yù)染蛋白分子量是一些純化好的蛋白混合物,通過(guò)與染料共價(jià)耦聯(lián),在電泳過(guò)程中或者轉(zhuǎn)膜時(shí)可以直接觀察到。預(yù)染蛋白分子量的出現(xiàn)方便了我們的實(shí)驗(yàn),這種蛋白分子量標(biāo)準(zhǔn)可以幫助我們?cè)陔娪緯r(shí)、電泳后,以及轉(zhuǎn)膜后監(jiān)測(cè)電泳情況和估計(jì)遷移率——比如,已知垂直電泳佳分辨區(qū)域大約在膠的2/3處,如果使用預(yù)染Marker就可以預(yù)測(cè)目標(biāo)蛋白進(jìn)入佳分辨區(qū)時(shí)停止電泳以得到佳分辨效果;如果觀察到Marker電泳異常也可以及時(shí)終止電泳;另外在Western Blot轉(zhuǎn)膜以后可以直接觀察蛋白轉(zhuǎn)膜是否*,還可以在膜上標(biāo)記蛋白分子量,所以吸引了許多實(shí)驗(yàn)室人員購(gòu)買(mǎi)預(yù)染蛋白標(biāo)準(zhǔn)。值得注意的是預(yù)染蛋白Marker與染料共價(jià)耦聯(lián),所以在不同的緩沖條件下電泳時(shí)遷移特性可能會(huì)發(fā)生某些變化,可能導(dǎo)致一些偏差,所以不太適合定位蛋白——不過(guò)多數(shù)情況下Marker的條帶未必能和我們的目標(biāo)蛋白*一樣,我們得到的也不過(guò)是一種相對(duì)Marker指示的參考大小,后都需要Western來(lái)定性,所以如果不是要區(qū)分大小相近的條帶,預(yù)染Marker還是很好用的,而且也可以和未染色的蛋白標(biāo)準(zhǔn)一起使用。

預(yù)染蛋白標(biāo)準(zhǔn)可以分為兩種:?jiǎn)紊A(yù)染和多色預(yù)染,其實(shí)區(qū)別就在于幫助在實(shí)驗(yàn)過(guò)程中辨認(rèn)某個(gè)條帶的大小——Marker條帶越多參考價(jià)值越大,可就越難辨認(rèn)區(qū)分,如果用不同的顏色來(lái)區(qū)別就比較好辨認(rèn)啦。如果沉悶的電泳實(shí)驗(yàn)中跑出五顏六色的彩虹Marker,此時(shí)心情想必會(huì)愉快一些!單色的Marker通常是利用其中某些條帶加倍濃度來(lái)提示其大小的。還有一點(diǎn)特別要注意,由于轉(zhuǎn)膜是一個(gè)將膠里的Marker濃縮在潔白的膜上,所以需要的上樣量相對(duì)少一些,如果想要在電泳過(guò)程中看到美麗的“彩虹”,或者單色的Marker往往需要比說(shuō)明書(shū)里多加一些Marker的。

三、Western的蛋白分子量標(biāo)準(zhǔn)

①生物素標(biāo)記蛋白標(biāo)準(zhǔn)

未染色的Marker在做Western時(shí),需要在印跡前先用麗春紅或者是SYPRO熒光蛋白染色液等不干擾Western Blot的染色方法顯色,在膠上做標(biāo)記后才能“拼”在后的結(jié)果中,如果是預(yù)染的Marker就要在轉(zhuǎn)膜后標(biāo)記膜,或者剪膜,后在“拼上”。要是想直接將Marker結(jié)果顯示在后結(jié)果上,不用手工作圖或者拼接,那就要Western的Marker了。比如生物素標(biāo)記的蛋白標(biāo)準(zhǔn)。這種方法主要是配合化學(xué)發(fā)光法:在蛋白分子量上標(biāo)記生物素,通過(guò)帶有抗生物素的抗體或者偶聯(lián)鏈親霉素的抗體,在化學(xué)發(fā)光檢測(cè)到目的蛋白帶時(shí)就可以同時(shí)看到相應(yīng)的分子量標(biāo)準(zhǔn)一起發(fā)光顯影了。不同于普通蛋白分子量標(biāo)準(zhǔn)的便宜、預(yù)染蛋白分子量的方便,這一方法的優(yōu)點(diǎn)是與Marker和目的蛋白對(duì)應(yīng)性好,同時(shí)在同張片上顯示,不用拼接,利于分析。缺點(diǎn)是如果樣品中帶有生物素背景,那個(gè)抗生物素抗體有可能影響結(jié)果,而且反應(yīng)體系太過(guò)復(fù)雜也會(huì)干擾實(shí)驗(yàn)結(jié)果。

②特殊標(biāo)記蛋白標(biāo)準(zhǔn)

在經(jīng)過(guò)修飾的蛋白標(biāo)準(zhǔn)中,除了生物素標(biāo)記以外,近些年由于下游蛋白操作的豐富化與復(fù)雜化,也出現(xiàn)帶有“尾巴”的蛋白標(biāo)準(zhǔn)。比如His-Tag,如果每個(gè)Marker條帶都有His–tag,那二抗添加His-Taq抗體很容易將Marker條帶顯示在Western結(jié)果上。很方便,問(wèn)題就是有可能有潛在的干擾,比如樣品中正好有類(lèi)似Histag的結(jié)構(gòu)。不過(guò)這可以通過(guò)對(duì)照檢測(cè)的。

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